沿革
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1939（昭和14）年10月 大阪市生野区に株式会社大日本臓器研究所を創立（代表 勝間外次郎氏）。
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1942（昭和17）年4月 本社及び工場を大阪市平野区に移転。
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1949（昭和24）年6月 アレルギー疾患の研究と診療のため、日本臓器体質病研究所を開設。
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1954（昭和29）年12月 小西甚右衞門氏、相談役として経営に参画。
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1960（昭和35）年4月 菅野二郎氏、社長に就任。
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1960（昭和35）年8月 塩野義製薬株式会社との総代理店契約を円満に解消し、製品の自主販売を開始。
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1961（昭和36）年1月 社名を日本臓器製薬株式会社と改名。
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1964（昭和39）年5月 相談役小西甚右衞門氏、社長に就任。
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1965（昭和40）年5月 スイス・ビオバザール社及びフランス・プロメディカ社と業務提携成立。
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1970（昭和45）年10月 第1回日仏アレルギー会議を提唱し、パリ大学において開催。
以後、3年毎に日仏で相互開催。 -
1971（昭和46）年4月 大気汚染防止機器エアロピュール®の製造販売のため日本エアロピュールを設立。
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1976（昭和51）年11月 ノイロトロピン®特号3cc新発売。
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1980（昭和55）年10月 第1回日中免疫アレルギー会議を北京、上海にて開催。
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1982（昭和57）年3月 日中基礎医学交流と人材育成のため上海に「中日血液学免疫学研究センター」を日中合作により設立。
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1983（昭和58）年6月 生物活性科学研究所竣工。
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1983（昭和58）年11月 財団法人小西国際交流財団を外務大臣認可により設立。
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1985（昭和60）年4月 第1回日・ソ・ブルガリア情動ストレス会議を生物活性科学研究所国際会議場にて開催。
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1985（昭和60）年10月 第1回日仏中免疫アレルギー会議（第6回日仏アレルギー会議、第5回日中免疫アレルギー会議）を北京、上海にて開催。
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1985（昭和60）年11月 生物活性科学研究所、兵庫県全土公園緑化構想の「みどりの建築賞」を受賞。
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1986（昭和61）年4月 小野緑園工場竣工。「自らの企業を自ら守る」考えのもとに日本臓器自警団を設立。
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1987（昭和62）年7月 第1回日中合作上海国際医学セミナーを上海にて開催。
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1988（昭和63）年7月 ノイロトロピン®錠新発売。
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1988（昭和63）年10月 第7回日仏アレルギー会議（設立20周年記念会議）をクロ・ブジョーにて開催。
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1994（平成6）年1月 北京事務所設立。
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1994（平成6）年9月 日中合弁企業 上海小西生物技術有限公司設立。ノイロトロピン®錠中国で輸入承認。
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1994（平成6）年11月 ノイロトロピン®特号3cc中国で輸入承認。
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1996（平成8）年11月 技術研究所竣工。
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1999（平成11）年5月 小西サウスカロライナ医科大学炎症研究所設立。
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2002（平成14）年1月 小西龍作氏、社長に就任。
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2005（平成17）年5月 上海小西生物技術有限公司 星火工場竣工。
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2005（平成17）年12月 小野緑園工場 第2製造棟竣工。
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2008（平成20）年4月 製剤研究所棟竣工。
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2008（平成20）年8月 ベトナムに原料関連施設竣工。
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2011（平成23）年6月 小西医薬信息諮詢（北京）有限公司設立。
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2011（平成23）年12月 小西ベトナム生物技術有限会社設立。
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2013（平成25）年12月 日本臓器ベトナム有限会社設立。
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2017（平成29）年1月 日本臓器ベトナム有限会社がイエンバイ省に原料関連施設第一期工事を完成。
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2020（令和2）年3月 第一種医療機器製造販売業許可取得。
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2020（令和2）年8月 本社を大阪市中央区平野町4丁目に移転。
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2023（令和5）年6月 小西崇文氏、社長に就任。